L’ESSA est associée avec différents établissements nationaux et internationaux au sein de trois Ecoles Doctorales de l’Université d’Antananarivo :
Ecole Doctorale Gestion des Ressources Naturelles et Développement (EDGRND)
Ecole Doctorale Génie des Procédés et des Systèmes Industriels, Agricoles et Alimentaires (GPSIAA)
Ecole Doctorale Agriculture, élevage et environnement (A2E)